生物分类
邓丽颖, 达春瑶, 陈锦华, 邹文海, 刘祝祥, 陈义光
为了阐明分离自张家口沙城(40°26′~40°27′N, 115°18′~115°20′E; 540~542 m)非盐性土壤的轻度嗜盐革兰氏阳性芽孢杆菌JSM 1682029与其密切相关属种的系统发育关系, 采用16S rRNA基因序列分析法初步了解实验菌株的系统发育地位, 基于基因组框架图进行系统分类特征比较, 以更为准确地判定其系统分类地位。此外, 为了探测其耐盐相关基因簇的组成和功能, 采用antiSMASH 7.0、BLASTN、BLASTP和Mega 11等多种生物信息学工具进行次级代谢产物合成基因簇(secondary metabolite biosynthetic gene cluster, BGC)的快速鉴定、功能注释和序列比对。基于16S rRNA基因序列的系统发育分析结果显示, 菌株JSM 1682029与芽孢杆菌科(Bacillaceae)的3个属(Aquibacillus、Sediminibacillus和Thalassobacillus)关系密切, 与其中沉积物芽孢杆菌属(Sediminibacillus)的3个已知物种(S. terrae, 99.73%; S. halophilus, 99.65%; S. dalangtanensis, 99.39%)典型菌株的相似性超过了原核生物物种界限阈值98.65%, 且这4个菌株在系统进化树上紧密相聚。基于基因组的系统分类特征比较结果明确显示, 该菌株属于沉积物芽孢杆菌属, 为土壤沉积物芽孢杆菌(S. terrae)的成员。基因簇分析结果显示, JSM 1682029及其3个密切相关属的16个已知物种典型菌株共有66个 BGC, 涵盖13大类、20个功能亚类, 分布较广泛的为四氢嘧啶(ectoine)合成基因簇、Ⅲ型聚酮合酶(type Ⅲ polyketide synthase, T3PKS)基因簇和β-内酯(β-lactone)基因簇; JSM 1682029和15个典型菌株各含有1个与耐盐功能直接相关的四氢嘧啶合成基因簇, 为相容性溶质四氢嘧啶生物合成基因簇, 这些基因簇具有较突出的功能新颖性和较高的遗传多样性, 且其核心基因的遗传演化模式与这些菌株16S rRNA基因的系统发育模式基本一致。上述结果表明: 1) 分离自张家口非盐性土壤的轻度嗜盐革兰氏阳性芽孢杆菌JSM 1682029为土壤沉积物芽孢杆菌的新成员; 2) 菌株JSM 1682029及其相关属的绝大多数物种(1个例外)均含有四氢嘧啶合成基因簇, 该基因簇具有较高的遗传多样性和突出的功能新颖性, 具有较大的产生新颖多样相容性溶质四氢嘧啶的潜力, 且其核心基因的遗传演化模式与这些菌株16S rRNA基因的系统发育模式存在高度正向关联。总之, 菌株JSM 1682029为一株分离自非盐环境、具有产生四氢嘧啶潜力的嗜盐芽孢杆菌, 其耐盐机制、次级代谢功能和生物技术潜力值得进一步探索。