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Gateway技术构建菊芋块茎全长cDNA文库及EST测序分析 |
杨少丽,秦松 |
中国科学院烟台海岸带研究所 |
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Construction of a cDNA Library Using Gateway Technology and Analysis of Expressed Sequence Tags (ESTs) from Jerusalem Artichoke |
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摘要 为丰富菊芋功能基因组学研究基础平台,以成熟期菊芋块茎为材料,将菊芋全长cDNA与Gateway供体载体pDONR222重组,构建了菊芋非剪切型全长cDNA文库。文库质量分析表明:未经扩增的原始文库库容量为5.76×106 cfu,插入片段大小主要为1~3 000 bp,重组率为100% (24/24),达到了高质量文库的标准。利用该文库进行表达序列标签(expressed sequence tag, EST)测序,得到2 639条高质量的EST序列,拼接后获得1 895条非重复的唯一表达序列(unigene)。与NCBI的NR数据库同源比对分析表明,共有1 533条unigene (80.9%)与已知基因有显著的同源性。GO分类结果显示:菊芋块茎表达基因在分子功能类群中,结合和催化活性所占比例最高。此cDNA文库将可用于菊芋功能基因组研究、新基因筛选、高通量EST测序以及菊芋cDNA芯片的制备等。
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关键词 :
菊芋,
cDNA文库,
Gateway技术,
表达序列标签(EST),
基因注释
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